迷惑メールフィルタとは、あらかじめ迷惑メールの条件を設定し、ユーザーがメールを受信する前にサーバ側で迷惑メールかどうかを判定する機能です。
アルファメール２では、管理者および利用者がそれぞれ迷惑メールフィルタを設定できます。管理者は、ユーザー共通で使用する「共通フィルタ」を設定できます。利用者は、ユーザー本人用の迷惑メールフィルタとして「個別フィルタ」を設定できます。
また、管理者は、迷惑メールフィルタ（共通フィルタ・個別フィルタ）の利用設定を、ユーザーごとに変更できます。利用者は、ユーザー本人の迷惑メールフィルタ（共通フィルタ・個別フィルタ）の利用設定を変更できます。
迷惑メールの条件に合致したメールは迷惑メールボックスに隔離され、設定した期間の後、自動的に削除されます。
アルファメール２では、複数のメールフィルタ機能を用意しています。各フィルタの処理順序は、次の通りです。
1. 管理者が設定した共通フィルタの受信許可リスト
2. 利用者が設定した個別フィルタの受信許可リスト
3. 管理者が設定した共通フィルタ（件名フィルタ・送信者フィルタ・言語フィルタ）
4. 利用者が設定した個別フィルタ（件名フィルタ・送信者フィルタ・言語フィルタ）
5.利用者が設定した振り分けルール
※ 受信許可リストの条件に合致したメールは、迷惑メールフィルタ（共通フィルタ・個別フィルタ）によってフィルタリングされません。
※ 振り分けルールの設定方法→「メールの仕分け」
