FTPで接続すると、 .gnome というフォルダが出来ています

ImageMagickをご利用になる場合、Imagemagickの仕様により「.gnome」という名前のフォルダが自動的に作成されます。
削除しても問題ございませんが、再度ImageMagickをご利用になった場合には.gnomeフォルダが再作成されます。